2) Aklin dinsel baski altina girmesi, özgürlügünü yitirmesi ve böylece "akil rehberligi" yerine "iman üstünlügü" zihniyetinin ve dolayisiyle "dogmatik düsün" geleneginin yerlesmesi:

Orta Çag denen dönem, hiristiyanligin yerlesmesi ve 3cü yüzyil sonlarina dogru devlet dini haline girmesi, ve "Kutsal" diye bilinen Kitap disinda gerçek olmadigi inancinin köklesmesiyle baslar [86]. Bilimsel gerçeklerin akilci usullerle arastirilmasi ve ortaya konmasi eski Yunan'dan gelme bir gelenek iken, hiristiyanlik "gerçeklerin" ancak iman yolu ile bulunabilecegi gelenegini getirmistir. "Kutsal" kitaba aykiri düsen her sey "yalan ve uydurma" diye ilan edilmis, ve öte yandan akilci usullerle bulunmus olan bütün veriler bir kalemde silinmistir. Örnegin Thales ve Phythagoras gibi bilim adamlari'nin yukarda degindigimiz buluslari "Tanri sözlerine" aykiri bulunmus ve böylece dünyanin yuvarlak ve döner oldugunu söylemek dinsizlik sayilmistir. Galileo' nun ya da Copernicus 'un ya da digerlerinin basina gelenler malumdur. Klise, sadece din kitaplarina uygun düsen görüslere izin vermis , ve örnegin Anaximander 'in evren ve doga konusunda ortaya vurdugu (ve özellikle dünyanin yuvarlakligi ve döner olusu ile ilgili) görüslerini [87] kafirlik sayarken bilime önem veriyormus gibi görünmek icin, yer yüzünün düz olduguna ve evren'in merkezi bulunduguna dair Batlamyos 'un vaktiyle savundugu fikirleri kendisine destek edinmistir. Nitekim MS 600 yilinda Cosmos Indicopleustes adinda bir din adami, "Hiristiyan Topografyasi" adli kitabinda, dünyanin düzlügünü ve dört yaninin yüksek duvarlarla cevrili bulundugunu anlatirken Ahd-i Atiyk' a dayandigini söylemis ve özellikle Musa 'nin Tanri'dan geldigini öne sürdügü esaslari örnek vermistir [88]. Yine ayni sekilde dinsel verilere göre, hastaliklarin Tanri'dan geldigi kabul edildiginden, Hippokrat gibi bilginlerin "Hastalik mikroplardan, pislikten gelir" seklindeki görüsleri "kafirlik" diye bilinmistir. Daha baska bir deyimle akil ürünü olan bilgiler unutulmaga mahkum kilinmis, ve akil verilerini dinsel verilere ustün tutmak isteyenler zindanlara atilmis, ateslerde yakilmistir. "Akilcilik" ile "Imancilik" arasinda baslayan bu çatisma ilk büyük kurbanini, 4cü yüzyilin sonlarina dogru, ünlü düsünür Hypatia 'nin, din emirlerini tek gerçek olarak yutturmaga çalisan St. Cyril karsisinda yenilgiye ugratilmasiyle vermistir. Olay kisaca anlatilmaga deger:

Iskenderiye Baspapazi St. Cyril (MS 315-386), hiristiyanligin temel inanislarini anlatirken, ve örnegin dünyanin dört çevresi itibariyle duvarlarla çevrili bulundugunu ve düz oldugunu, ya da Meryem ana'nin bakire olarak Isa'ya hamile haldigini ve bunun bir tanri mu'cizesi oldugunu, ya da müspet ilme aykiri buna benzer seyleri dinsel gerçekler diye açiklarken, o dönemin çok ünlü bir matematikcisi olan Hypathia (MS 370-415), eski Yunanin akilci bilimlerini ögretmekle mesguldu. Kuskusuz ki akilci verilerin belletilmesine müsamahakar kalmak Klise bakimindan pek tehlikeli bir seydi. Bilindigi gibi Klise o tarihlerde artik hiristiyanlik devlet dini haline girdigi için tam manasiyle güçlenmis sayilirdi. Tehlikeyi sezdigi içindir ki, Hypathia 'nin hakkindan gelebilmek icin St.Cyril' e destek oldu. Günlerden bir gün Hypathia yakalatildi, çiril çiplak soyularak din adamlari tarafindan sokaklarda dolastirildi , saçlarindan sürüklenerek bir Klise'ye sokuldu ve orada vucudu param parça edilerek etleri kemiklerinden ayiklandi ve kalan kisimlar ateste yakildi. Bu vahset olayi sonucu olaraktir ki eski Yunan'dan gelme akilci bilimlerin okutulmasina paydos dendi, ve Tanri sözleri diye bilinen Incil [89] disinda gerçek aranamayacagi ilan edildi; böylece akilci düsün gelenegine kesin olarak son verildi [90] . Böylece Klise, akilciliga karsi baslatmis oldugu üç yüz yillik savasi tam bir zaferle süslemis oldu [91]. Bati artik "Karanlik çag" dönemine girmis oluyordu; bundan böyle din dogmalari ilm'in ve ahlak'in kendisi sayilacaktir. Bu dönem bin bin yil sürecek ve bu süre boyunca akilci usullerle ilim yapmak isteyenler cahil diye damgalanacak, dinsiz diye suçlandirilacak, zindanlara atilacaktir. Eski Yunan'dan kalma akilci bilim verileri yalan sayilacak , unutturulacaktir. Ancak ne var ki "imancili'gin", "akilciliga" galebe çalmasiyle olusan bu Karanlik Çag, bin yillik bir sapmadan sonra, tekrar eski Yunan kaynaklarina kavusulmakla, ve daha dogrusu "gerçeklerin" din kitaplarinda degil faka akil verilerinde yattiginin anlasilmasiyle son bulacaktir.